Der erste Finowkanal wurde 1605 bis 1620 erbaut und war die erste künstliche Verbindung zwischen zwei deutschen Stromgebieten (Havel und Oder). Der Kurfürst Joachim Friedrich erteilte 1603 die Order, die Havel bei Liebenwalde über das Flüsschen Finow mit der Oder zu verbinden. Bereits 1609 war die Verbindung von Liebenwalde bis zur Finow einschließlich des Baues von fünf Schleusen bis Finowfurt fertiggestellt. Wegen akuten Geldmangels ging der Ausbau des Kanals, nunmehr in der Trasse der Finow, nur schleppend unter den Kurfürsten Johann Sigismund (1608–1619) und Georg Wilhelm (1619–1640) voran.
Infolge des Dreißigjährigen Krieges wurde der Kanal fast vollständig zerstört und die einzelnen Kanalabschnitte verfielen. Der Finowkanal geriet in Vergessenheit.
Ab 1743 wurde der Kanal durch Erlass Friedrichs II. wieder hergestellt. Er brachte wirtschaftlichen Aufschwung in die Region und ermöglichte die Ansiedlung metallverarbeitender Industrie im 18. Jahrhundert. Der Kanal hat die Entwicklung des Finowtals, auch das „Märkische Wuppertal“ genannt, bestimmt.
Die Gesamtlänge des Kanals betrug zu seiner Bauzeit ca. 43 Kilometer, es war ein Höhenunterschied von 38 Meter zu überwinden. Die Standorte der zehn Schleusen orientierten sich an den Standorten des ersten Finowkanals. Den Abmessungen der Schiffe (26,67 m lang, 3,11 m breit) waren die Schleusen in Kesselform angepasst. Am 16. Juni 1746 wurde der zweite Finowkanal für den Verkehr freigegeben.
Von 1747 bis 1753 wurde der Kanal in östlicher Richtung erweitert, es wurden weitere sieben Kanalstufen errichtet. Im 19. Jahrhundert war der Bau größerer Schleusen notwendig geworden, da das Verkehrsaufkommen stark angestiegen war. In den Jahren 1841 bis 1850 wurden durchschnittlich 14.000 Kähne und ca. 53.000 Floßhölzer geschleust, ab 1845 erfolgten auch Nachtschleusungen. Ab 1874 wurde dann der Bau einer zweiten parallelen Schleuse je Kanalstufe begonnen.
Auf einer Länge von 29,7 Kilometer wird ein Höhenunterschied von 36 Meter durch zwölf Schleusen ausgeglichen: Schleuse Ruhlsdorf (bei km 59,2), Leesenbrück (km 61,1), Grafenbrück (km 63,3), Schöpfurth (km 67,5), Heegermühle (km 71,0), Wolfswinkel (km 72,9), Drahthammer (km 73,9), Kupferhammer (km 75,9), Eberswalde (km 77,9), Ragöse (km 81,0), Stecher (km 84,4), Liepe (km 88,9). Die Schleuse Eberswalde ist die älteste noch betriebsfähige Schleuse im Bereich der Märkischen Wasserstraßen, sie wurde 1831 fertiggestellt.
Bis zum Ausbau der Wasserstraße 1874 gab es zwischen den Schleusen Schöpfurt und Heegermühle noch die Steinfurter Schleuse und zwischen den Schleusen Stecher und Liepe die Niederfinsche Schleuse. Sie waren als hölzerne Kesselschleusen errichtet.
1898 und 1899 wurden am Finowkanal zwischen der Stadtschleuse und der Ragöser Schleuse durch die damalige Firma Siemens & Halske Versuche mit elektrischen Schiffszügen unternommen. Getestet wurden zwei Systeme: das System Köttgen und das System Lamb. Köttgen sah vor, einen elektrischen Motor auf einer Schiene fahren zu lassen während Lamb einen an einem fest installierten Drahtseil fahrenden Motor vorschlug. Die Erfahrungen aus diesen Versuchen flossen später beim Bau der Treidelbahn am Teltowkanal und auch bei der Schleusentreppe Niederfinow ein.
Mit dem 1914 im Zuge des Großschiffahrtsweges Berlin–Stettin errichteten Oder-Havel-Kanal verlor der Finowkanal zusehends an Bedeutung. Der modernere Kanal bietet Platz für größere Schiffe, hat wesentlich weniger Schleusen und ist somit wirtschaftlicher. Lediglich einige Betriebe, die direkt am Finowkanal lagen, wurden noch angesteuert. Der sich westlich anschließende Lange Trödel wurde bereits 1925 abgetrennt. 1972 kam der kommerzielle Schiffsverkehr auf dem Kanal völlig zum Erliegen.
Der Finowkanal ist aktuell ein wichtiger Aspekt der Tourismusbranche der Region und Anziehungspunkt für Wassertouristen und Tagesausflüge aus Berlin. Durch den Ausbau des Treidelweges von Finowfurt bis zum Schiffshebewerk Niederfinow zu einem Rad- und Wanderweg erblühte der Finowkanal seit etwa 2000 erneut. Befahrbar ist der Kanal zwischen Zerpenschleuse und Liepe. Durch die Wassertourismus Initiative Nordbrandenburg (WIN AG), einer Gründung durch die Landkreise Barnim, Oberhavel und Ostprignitz-Ruppin sowie der Städte Eberswalde, Oranienburg, Neuruppin und Templin, ist geplant, den Langen Trödel bis zum Jahr 2014 wieder schiffbar zu machen. Vorgesehen ist der Bau zweier Hubbrücken in Zerpenschleuse, an der B 109 und der Forststraße, und die Öffnung der zugeschütteten Schleuse an der Einmündung in den Oder-Havel-Kanal.